Un test «PCR» pour trouver le meilleur cultivar de soya

Geneviève Arsenault-Labrecque montre un plant de soja ayant résisté à la maladie et une autre qui en est presque mort.
Photo: Francis Vachon Le Devoir Geneviève Arsenault-Labrecque montre un plant de soja ayant résisté à la maladie et une autre qui en est presque mort.

L’automne dernier, quand l’agronome Maxime Côté a pris des nouvelles de l’un de ses clients, un producteur agricole établi tout près d’Ottawa, une belle surprise l’attendait. L’expérience menée sur son champ de soya — divisé en deux, chaque moitié plantée d’une variété différente de soya — avait couronné une génétique gagnante.

« La différence de rendement était incroyable », raconte M. Côté. Le rendement à l’hectare était environ 15 % plus élevé pour l’une des variétés de soya. « J’en ai été très surpris ! » s’exclame-t-il.

La pourriture phytophthoréenne du soya, une maladie très répandue au pays, aurait causé en bonne partie la débâcle de la moitié moins productive du champ, selon l’agronome. On évalue que, chaque année, cette maladie fongique cause pour 50 millions de dollars de dégâts au Canada.

Si, la plupart du temps, le choix du cultivar de soya se fait « à l’aveugle », un nouveau test diagnostique permet aux agriculteurs de choisir la variété la plus résistante à la pourriture phytophthoréenne. Puisque des dizaines de souches différentes de l’agent pathogène existent en Amérique du Nord, le choix du cultivar de soya le mieux adapté varie d’un champ à l’autre.

« Utiliser la variété qui a le bon gène, c’est la meilleure façon de se protéger », explique Geneviève Arsenault-Labrecque, la p.d.-g. et responsable de la recherche et du développement chez Ayos Diagnostic, une jeune pousse établie à Québec offrant un test moléculaire unique au monde, et qui collabore avec Maxime Côté.

Comme un test COVID

 

Durant son doctorat en biologie végétale auprès du professeur de phytologie de l’Université Laval Richard R. Bélanger, Mme Arsenault-Labrecque a participé au développement d’un test d’amplification des acides nucléiques — mieux connu sous l’acronyme anglais PCR — capable d’identifier le variant de la maladie phytophthoréenne. « C’est vraiment comme un test pour la COVID », explique-t-elle.

Cette information permet, la saison suivante, de choisir le cultivar de soya disposant des bons gènes pour résister au variant qui se cache dans le sol du champ. Les semenciers proposent déjà du soya ayant l’un ou l’autre des cinq gènes « de résistance » connus à Phytophthora sojae, l’agent pathogène responsable de la pourriture phytophthoréenne.

Photo: Francis Vachon Le Devoir Geneviève Arsenault-Labrecque a participé au développement d'un test d’amplification des acides nucléiques — mieux connu sous l’acronyme anglais PCR — capable d’identifier le variant de la maladie phytophthoréenne.

Maxime Côté, qui offre ses services à des producteurs des Laurentides, de l’Outaouais et de l’est de l’Ontario, travaille depuis 2020 avec Mme Arsenault-Labrecque et son équipe. Il y a deux ans, des échantillons de sol ont été prélevés chez cinq de ses clients cultivant le soya. Les tests ont révélé la présence de variants résistants de Phytophthora sojae chez quatre d’entre eux.

Même chez les producteurs, la pourriture phytophthoréenne demeure « méconnue », avertit M. Côté. Cette maladie attaque les plants de façon subtile, et les dommages ne sont pas toujours facilement visibles. « Dans la plupart des cas, on va avoir des plants plus chétifs, et la base des tiges peut virer au brun, explique l’agronome. Dans les cas extrêmes, le plant peut complètement se dessécher, mais il va retenir ses feuilles mortes. »

Réduire le recours aux fongicides

 

Chez le producteur de Cumberland, en Ontario, qui avait divisé son champ en deux, les tests moléculaires d’Ayos ont détecté la présence de deux variations génétiques embêtantes dans la souche locale de Phytophthora sojae. Sans surprise, la moitié du champ qui avait gagné la course au rendement avait le bon cultivar pour parer à ce variant du pathogène. Ce printemps, c’est cette variété seule de soya qui a été plantée.

Photo: Francis Vachon Le Devoir

Pour M. Côté, le test moléculaire de diagnostic est un outil de plus pour améliorer les rendements de soya, mais aussi pour réduire la quantité de fongicide utilisée. Puisque ses clients cultivent surtout du soya pour la consommation humaine, cet aspect est primordial.

« Il faut aussi sensibiliser les producteurs à l’importance d’améliorer les rotations de culture », dit-il. L’alternance entre différentes cultures — blé, maïs et soya, par exemple — freine radicalement la prolifération des maladies, rappelle-t-il.

Depuis leur laboratoire du professeur Bélanger à l’Université Laval, Geneviève Arsenault-Labrecque et ses associés se préparent à déployer leur technologie sur le marché canadien. Après des années de recherche, en 2022, ils veulent « faire des preuves de concept en champ » pour convaincre les cultivateurs et les agronomes d’adhérer à leurs services.

Il faut aussi sensibiliser les producteurs à l’importance d’améliorer les rotations de culture

 

La jeune entrepreneuse, dont la technologie a été brevetée par son université en 2018, estime que des changements s’imposent dans le monde du soya. Depuis des décennies, le recours massif aux mêmes variétés génétiques de cette légumineuse a favorisé l’émergence des souches résistantes de la pourriture phytophthoréenne, sélection naturelle oblige.

« Quand une nouvelle variété [de soya] est mise sur le marché, elle est utilisée massivement : ça génère de la résistance [chez l’agent pathogène] », explique Mme Arsenault-Labrecque. Une utilisation plus éclairée permettrait d’éviter de « brûler » des variétés élaborées au prix de patients efforts d’hybridation par les semenciers. « Ce serait le bon moment pour changer nos façons de faire », souligne-t-elle.

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