L’histoire «génétique» du variant P.1, très virulent au Brésil

Des femmes marchent dans le cimetière Nossa Senhora Aparecida, à Manaus, au Brésil, où le variant P.1 a émergé en novembre 2020.
MICHAEL DANTAS AGENCE FRANCE-PRESSE Des femmes marchent dans le cimetière Nossa Senhora Aparecida, à Manaus, au Brésil, où le variant P.1 a émergé en novembre 2020.

Au tout début de l’année 2021, Manaus, une grande ville brésilienne en pleine forêt amazonienne, était aux prises avec un nouveau variant du coronavirus. Très virulent, ce variant nommé P.1 faisait déborder les hôpitaux de la métropole. Il faisait également craindre pour sa potentielle capacité à réinfecter les personnes ayant déjà contracté la COVID-19. D’un point de vue scientifique, toutefois, on en savait relativement peu sur cette lignée du SRAS-CoV-2.

Une étude très fouillée parue ce lundi dans Nature Medicine raconte maintenant l’histoire « génétique » de ce variant. Les auteurs ont analysé en détail la signature génétique de 250 échantillons du virus prélevés chez des malades de l’Amazonas entre mars 2020 et janvier 2021. En observant l’apparition des différentes mutations, ils arrivent à reconstruire l’arbre évolutif menant au variant P.1.

En mai 2020, une puissante première vague touchait Manaus. Les autorités ont mis en place des mesures augmentant la distanciation physique et, donc, réduisant la circulation du virus. Toutefois, une « faible transmission communautaire endémique » s’est poursuivie pendant des mois. Pendant ce temps, un nouveau variant (B.1.1.28) a remplacé celui qui était en place (B.1.195), mais cela n’a pas modifié la dynamique de l’épidémie. Il pavait toutefois la voie au variant P.1, qui est apparu en novembre 2020.

Le virologiste brésilien Felipe Gomes Naveca et ses collègues notent qu’il est difficile de prévoir l’apparition d’un variant préoccupant en analysant ses lignées parentales. Aucun « motif inhabituel » n’était détectable dans les mutations apparaissant à Manaus à la fin de l’été 2020. Grâce à leurs nouvelles analyses, les chercheurs arrivent cependant à dire que le variant P.1 n’est pas apparu d’un coup chez un patient souffrant d’un très long épisode d’infection, mais plutôt à la faveur d’une accumulation de mutations chez des hôtes différents.

« En résumé, nos résultats confirment que les remplacements de lignées ont été un phénomène récurrent dans l’évolution locale du SRAS-CoV-2 dans l’État de l’Amazonas, sous l’effet de facteurs écologiques et virologiques », écrivent-ils. Après son apparition, le variant P.1 a été en mesure de se propager très rapidement, notamment parce que certaines mesures anti-épidémiques avaient été abandonnées en septembre. En moins de deux mois, il est devenu dominant dans l’Amazonas, avant de gagner d’autres contrées.



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