Il existe deux branches de coronavirus depuis le début de la pandémie

Le virus SRAS-CoV-2 qui se propage partout dans le monde possède deux branches génétiques distinctes.
Photo: National Institutes of Health via AFP Le virus SRAS-CoV-2 qui se propage partout dans le monde possède deux branches génétiques distinctes.

Le coronavirus responsable de la pandémie de COVID-19 évolue lentement, mais les multiples mutations qu’il a subies depuis qu’il s’attaque à l’humain n’ont jusqu’à maintenant en rien modifié son caractère pathogène, souligne une étude publiée dans la revue Nature. Cette publication confirme également que deux grandes lignées génétiques distinctes de SRAS-CoV-2 sont à l’origine de la pandémie, dont seulement l’une des deux aurait été contractée par des humains dans un marché public de Wuhan, en Chine.

La pandémie de COVID-19 a émergé à Wuhan, vraisemblablement dans un marché de fruits de mer, plus précisément dans le Huanan Seafood Wholesale Market. Toutefois, le fait qu’un nombre considérable de cas initiaux de COVID-19 n’ont pas eu de contacts avec ce marché jette un doute sur le contexte particulier qui a permis au coronavirus de passer de l’animal à l’humain.

   

Pour éclaircir cette question, une équipe de chercheurs de Shanghai, en Chine, a analysé et comparé les génomes des coronavirus dont étaient infectés 94 habitants de Shanghai atteints de la COVID-19 et ceux de 221 échantillons de SRAS-CoV-2 qui étaient accessibles sur la plateforme de partage de données GISAID. Ces scientifiques ont ainsi pu identifier deux clades majeurs, c’est-à-dire deux grands groupes phylogénétiques de coronavirus distincts ayant un même ancêtre commun. Ils ont également remarqué que les coronavirus dépistés chez les premières personnes ayant reçu un diagnostic de COVID-19, début décembre, appartenaient dans certains cas au clade I et dans d’autres cas au clade II.

Plus précisément, ils ont constaté que le génome des virus prélevés chez six patients ayant fréquenté le Huanan Seafood Wholesale Market de Wuhan était associé au clade I, alors que celui de trois autres patients ayant été testés durant la même période, mais qui n’avaient pas été en contact avec le marché de Wuhan, faisait partie du clade II.

Selon les auteurs de l’article de Nature, ces deux clades caractérisés par un profil génétique particulier « représentent vraisemblablement deux lignées issues d’un ancêtre commun, mais qui ont évolué indépendamment au début décembre à Wuhan ; l’une d’elles, celle du clade I, se serait disséminée dans le marché public, où la grande densité d’étals, de vendeurs et de consommateurs a pu faciliter la transmission d’humain à humain, l’autre se serait propagée au départ chez des gens qui n’avaient pas eu de contacts avec le marché. « Cela ne veut donc pas dire que le virus serait passé de l’animal à l’humain au marché, car l’étude montre que ces deux lignées avaient un ancêtre commun », souligne la Dre Cécile Tremblay, infectiologue au CHUM.

En concordance avec cette hypothèse, des investigations épidémiologiques menées sur les tout premiers cas de COVID-19 apparus à Wuhan avant le 18 décembre ont révélé que deux patients avaient eu des contacts avec le Huanan Seafood Wholesale Market tandis que cinq autres n’avaient aucun lien avec ce marché.

L’analyse phylogénétique de ces deux clades suggère aussi que l’événement zoonotique le plus ancien, c’est-à-dire celui de la transmission de l’animal à l’humain, serait probablement survenu en novembre 2019. Les chercheurs seraient parvenus à cette hypothèse en raison « du peu de diversité dans la phylogénie générale du SRAS-CoV-2, tel que révélé par l’horloge moléculaire ».

« Dans des virus, comme l’influenza et le VIH, qui ont une longue histoire évolutive chez l’humain, on voit plus de variabilité, car les mutations se sont accumulées avec le temps, alors que dans le SRAS-CoV-2, il y a relativement peu de diversité, ce qui est compatible avec une histoire récente chez l’humain. La date de novembre pourrait être précisée avec plus de données, mais en fonction de nos connaissances actuelles, cette date est plausible », explique Jesse Shapiro, titulaire de la Chaire de recherche du Canada en génomique microbienne révolutionnaire, à l’Université de Montréal.

« Cet événement zoonotique survenu en novembre aurait donc produit l’ancêtre commun qui aurait évolué en ces deux lignées, dont l’une s’est retrouvée parmi les gens qui fréquentaient le marché de Wuhan, et l’autre s’est transmise ailleurs. On ne connaît donc pas non plus où est apparue la souche ancestrale capable de se transmettre d’humain à humain », ajoute la Dre Tremblay.

Également, les chercheurs ont comparé les génomes des virus ayant été prélevés sur 112 personnes atteintes de la COVID-19, à Shanghai, entre le 20 janvier et le 25 février, à ceux des virus portés par les premières personnes infectées par le SRAS-CoV-2, à Wuhan. Ils ont ainsi pu observer que le génome du virus continuait d’évoluer, comme en témoignent les 169 variations génétiques décelées dans neuf régions du génome impliquées dans la synthèse de protéines. Ces petites variations n’ont toutefois pas modifié les manifestations cliniques du virus. C’est pourquoi les auteurs de l’étude concluent que « l’évolution du génome du coronavirus est stable ».

« Comme tous les virus, le SRAS-CoV-2 continue d’évoluer, et il continuera de subir des mutations, mais jusqu’à maintenant, il n’y a aucune preuve que les mutations survenues dans son génome ont eu un impact sur ses caractéristiques adaptatives, notamment sur son aptitude à se transmettre et sur la sévérité de la maladie qu’il induit. L’évolution du virus est stable dans le sens où elle n’a pas abouti à des souches qui ont des manifestations cliniques différentes », précise M. Shapiro.

« Les chercheurs n’ont trouvé aucune association entre les mutations qu’ils ont observées dans le virus affectant les 112 patients et les manifestations cliniques de ces mêmes patients. Cela ne veut toutefois pas dire qu’avec un plus grand échantillon de données, on ne trouvera pas d’effets. Il est également possible que surviennent éventuellement des mutations qui changeront les caractéristiques du virus, et pour cette raison, il est important de continuer à faire ce genre de surveillance », souligne-t-il.

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